El municipi de Sant Joan les Fonts es troba situat a la carretera GI-522 que va de Castellfollit de la Roca a La Canya.

EN COTXE:
- Des d'Olot per la C-26 en direcció Vall de Bianya fins a La Canya.
- Des de Girona per la C-66 en direcció Banyoles i Olot. A l'alçada de Besalú agafar A-26 direcció Olot, sortida 79.
- Des de Figueres, per la N-260 i a l'alçada de Besalú agafar A-26 direcció Olot, sortida 79
- Des de Barcelona per la C-17 i la C-37 per Vic i el túnels de Barcons o bé per l'AP7 i sortida Girona Nord.

EN TRANSPORT PÚBLIC:
- Línies regulars des de Barcelona, Girona, Figueres, Banyoles,... de l'empresa Teisa

TREN:
- Les estacions de tren més properes són Girona, Figueres, Vic, Ripoll i Barcelona.

AVIÓ:
- L'aeroport més proper és el de Girona que es troba a uns 50 km de la Garrotxa. L'aeroport del Prat de Barcelona es troba a uns 130 km de la Garrotxa.